来到113号道路，这里到处都飘着火山灰，在这里的民家可以得到收集火山灰的はいぶくろ，以后积累了一定的火山灰就可以和民家里的男子交换家具装饰自己的秘密基地了。

　　再往左走就来到了ハジツゲタウン镇，在镇上的PC屋子里会遇到マユミ，以后精灵盒就由她来保管了，往下走会到她家，她会送给主角一个玩偶。一路前进，来到了流星瀑布，山洞里岩浆团和洪水团正在火拼，主角上去阻止后，两大势力就散开了。等他们走后继续往下走，会发现又回到了カナズミシティ市，然后去原来解救那位老人宠物的那个山洞，会发现里面有一对情侣，不过他们被岩石隔开了，这时用碎岩技能打碎石头，那个男的就会很感激地送给主角04号秘传机器（怪力，可以推动石头）。

　　 通过了120，121道路到达了ミナモシティ市，中途还能路过一个狩猎场，里面可以捕捉精灵，不过必须要有糖果盒才能进去，糖果盒就在ミナモシティ里的选美馆中，而这次也只有唯一的一个选美馆了。在这里最大的百货大楼前，又一次遇到了小遥，不过还是那么点实力。大楼里有很多道具，补充一下折回121号道路，使用乘浪经过122号水路后，就可以来到充满迷雾的山上，之前可以在妖怪墓场搜刮完道具。山上又遇见了洪水团，这次他们的目标是一对老夫妇，击退后，老夫妇会把岩浆团的徽章（マグマのしるし）送给主角。

　　 赶走了幽灵山上的洪水团，主角正要返回フエンタウン，而就在到达えんとつやま和フエンタウン之间的山道时候，一阵地震过后出现了新的山洞。此时如果实力不够的话，要多买些回复道具，山洞比较深，对手也比较多。冲过了岩浆团团员重重封锁，来到了最里层，发现岩浆团首领正准备将沉睡中的古拉顿唤醒。可是似乎他手里的东西在发着蓝色的光芒。唤醒古拉顿的不应该是发着红光的红玉吗？虽然主角竭尽全力阻止他，可是还是晚了一步，古拉顿竟然被蓝玉唤醒了，刚苏醒的古拉顿对蓝玉产生了强烈的抵抗，一转眼就逃跑了。岩浆团首领眼见计划失败，决定将愤怒发泄在主角身上（有那么容易么），成功击败他们后岩浆团从山洞里撤退了。

　　 然后到カナズミシティ市的码头，会发现潜水艇被水之团盗走了，于是主角追到了ミナモシティ市右边海滩的上方，发现了洪水团的基地，当追到最底部时，洪水团团长已经开着潜水艇溜走了……（注意在基地里可以得到大师球，什么精灵都可以捉住，一定要仔细找，是4个球放在一起的，其中两个是顽皮弹）。

　　 接下来，127号水路也可以通过了。使用乘浪，穿过127，128号水道来到了トクサネシティ，在这里有第七个会馆，进入挑战超能系馆主フウ和ラン，因为是双胞胎，所以与她们对战的方式也是2V2，这次的对战和前作比起来，有了更大的难度，除了数量从原来的2个增加到4个外，妖怪之间的配合战术也多了很多。所以在开战前一定要把妖怪设定好。在解决她们后会得到04号技能机器（冥想）和超能徽章，并且可以在平时使用潜水了。

　　 来到右边的火箭研究所，这里被岩浆团占领了，目的似乎是正在研究的火箭（想去火星么？）。来到二楼发现ダイゴ被岩浆团的团长和一个小喽罗夹击。激动人心的时刻到来了，主角和ダイゴ联手进行战斗，不过总觉得那个上作冠军在拖后腿……强强联手，主角再一次粉碎了岩浆团的阴谋，回到トクサネシティ里的ダイゴ家，他会给你08号秘传机器（潜水，在海上有深色的地方可以潜入海底）。此外，在一渔夫家可以得到最高级的钓竿（すごいつりざお）。在火箭研究所还可以拿到太阳石和王者之证（おうじゃのしるし）。

　　 到127号，128号水道，看见是深蓝色的海域使用潜水技能，潜入海底仔细寻找，在一个山洞里发现了被偷来的潜水艇，上浮后，来个一个山洞，一路深入，遇到了洪水团的团长，而在他面前的正是能助他完成统治海洋计划的海皇牙，不过同样的错误发生了，被红玉惊醒的海皇牙也逃跑了，打败了洪水团团长后，离开了山洞。

　　 两神兽就在两个BC团主的胡闹下逃跑了。顶着一边下雨一边出太阳的天气（哇……彩虹），经过126号水路潜水来到ルネシティ。刚浮出水面便看见令人震撼的一幕，古拉顿与海皇牙为了争夺陆地与海洋的面积正拼得不分上下（下雨天，高压水就可以秒了古拉顿……古拉顿完全没有胜算的，真不知道海皇牙在干嘛……难道是在玩？= =）。虽然它们玩的开心，可急坏了ルネツティ的村人，随ダイゴ来到觉醒之祠，里面遇到了原来的水系馆主，得知只有天空龙才能平息海皇牙与古拉顿之间的争斗（游戏），回答完天空龙正确的栖息地后（选项3），火速乘浪穿过126、127、128、130来到了天空之塔，和水系馆主对完话后进入塔里，利用高速自行车轻松到达塔顶。唤醒后的天空龙身上条纹亮起，立刻飞向ルネシティ。紧追天空龙回到ルネシティ，伴随着口袋系列从未有过的动画和音乐渲染，天空龙从穿过云层降临了。在它的怒吼中海皇牙与古拉顿被强行分开，天气终于恢复了正常（村人：终于可以晒衣服了……）。水系会馆门前与岩浆团和洪水团的首领对话后他们离开了，（回迷雾山可以看到他们交还蓝玉红玉的剧情，终于知道悔改了！）

　　事情都解决了，终于可以去GYM了，在最后一个会馆面前和原水系馆主对话得到07号秘传机器（攀瀑，可以登上瀑布）。最后一个会馆的大门也终于让开了，还等什么赶快去打败这位新的水系馆主アダン吧。打败首领后得到了最后一个水滴徽章和03号技能机器，并且攀瀑也能在平时使用了。

　　 最后到128号水道，使用攀瀑到达サイュウシティ镇，通过冠军之路，在出洞的时候再一次遇到ミツル，他的实力有了很大程度的提高，战胜后，就可以去挑战四天王了。四天王的精灵以及招数配置和前作稍有不同，更注意了辅助技巧的使用来和主角做战术对抗，但相应的，每个天王使用恢复道具的次数下降了不少。若天空龙有学电系攻击技巧来对付水系，那四天王基本都可以很轻松地过。而最终BOSS则是换成了原水系馆主ミクリ。他用的全是水系精灵，如果开始有选草蜥蜴的话，过起来将会非常轻松，否则的话就事先预备电系招数或者电系精灵吧。但注意最后的那只ナマズン是不怕电的，唯一弱点是草，不过他的攻击方式只有地面系水系和普通系，还擅长使用招数超级健忘来狂飙特殊防御，天空龙防御稍高就可以靠物理攻击硬拼过去了。打败他后，按照老规矩，把自己的队伍存入电脑，做为纪念，然后就欣赏结局吧。